葡萄牙国王批准之后，广东地方政府开始与葡萄牙方面接触，但一直是在私下运作，中央政府并不知情，后来中央政府官员知道后也并没有告诉皇帝。直到嘉靖四十三年（1564年）这件事情才被嘉靖知晓，为此，庞尚鹏上《陈末议以保海隅万世治安疏》详细讲述了广东地方政府与葡萄牙人谈判的经历，特别是澳门问题。

奏疏道：自从朱纨将葡萄牙人赶出浙江之后，葡萄牙人就重回广东。葡萄牙在中国的贸易据点在1557年开始转移到了澳门。

为什么地方官员不上报呢？为何允许葡萄牙人常驻呢？

奏疏解释道：当时的守澳官官衙设在香山县，其上是“领番夷市舶”的海道副使。在军事上的设置是香山守御千户所，它归属于广海卫。其时，“守澳官”为王绰，是嘉靖朝的武举人，袭祖职为宣武将军。其后升为昭武将军，镇守澳门。因为，葡萄牙人愿意照章纳税通商并且合法经营，王绰便同意葡萄牙人居澳门，并上奏上司海道副使汪柏，其后汪柏同意葡萄牙人来华贸易以及在澳门停留。王绰为了防止葡萄牙人闹事儿，便在葡萄牙人所居之地的旁边设立军营一所。朝夕进行军事演练，以武力威慑。见葡萄牙人确实没有违法乱纪之举，便同意他们常驻澳门。但需要一切听从香山县的指令，葡萄牙官吏成为我大明地方夷官。

庞尚鹏专门向皇帝讲述了澳门问题的来龙去脉后，朝中官员便开始议论如何对待葡萄牙人。一种以广东官府为代表的地方官集团，他们主张给予葡萄牙人居留权。一种以俞大猷为代表的军方势力，他们主张驱除葡萄牙人。可这时的葡萄牙人竟然煞有介事地选起了澳门地方行政长官。但是，因为被朱纨打得惨败的记忆过于深刻，同时也意识到中国的强大，更重要的是，葡萄牙在与西班牙、荷兰、英国的竞争中，已经处在下风，所以，葡萄牙人为了自己的利益必须要和中国站在一起。

为了讨好明政府，私自选出来的澳门地方行政长官佩雷拉，于1564年主动请求协助明朝政府军镇压潮州的柘林兵变。因为常年剿倭，政府和军队贪污盛行，军士们挨饿受冻却没有军饷、军粮，以至于兵士们怨声载道，终于酿成兵变。兵士们进攻广州，要求政府补军饷发粮食。佩雷拉迅速派人找到提督侍郎兼右佥都御史吴桂芳，以接受葡萄牙使团进京和准许天主教入华为条件，帮助官军剿灭兵变。

俞大猷同意接受这一建议，并派人前往澳门进行具体商谈。1564年9月27日葡萄牙方面作出决定：出兵驰援，刻不容缓!