为此，俞大猷答应重赏葡萄牙援军，并对其商品免商业税一年。佩雷拉和葡萄牙驻日本航线掌管梅洛各组两支舰队协助明政府军。然而，其后俞大猷并未按约定给予葡萄牙人赏赐，反而力劝吴桂芳借此进攻澳门，驱逐所有葡萄牙人。吴桂芳并未同意，但在俞大猷的催促下，在澳门周边地区加大军事力量部署。而这时，对澳门的政策在中央层面已经确定：准许通商贸易的同时严禁私通。

与此同时，万历初年的地租银政策开始广泛施行。为了保障地方财政收入，地方官员达成了共识，将澳门出租给葡方。每年给付租金500两，其后租金一度升到每年1万两，之所以这样就是因为商业贸易的发达。这种交付租金的做法一直持续到道光二十九年（1849年），葡萄牙方面见到中国很孱弱便放弃了“地方政府”这一角色，并拒绝缴纳租金。

在租借期内，广东地方政府仍然对澳门进行有效行政统治。地方官员为防止出现事端，被中央以“通番”查处，对葡萄牙人的居住地带进行了严格限制，并重兵看护。

1582年新任两广总督张居正的亲信陈瑞则在接受了大量贿赂之下，默许了这件事。

1583年陈瑞将葡萄牙在澳门的地方行政官员授衔为“夷目”，将葡萄牙官员纳入中国地方官员序列。每年十一月冬至前后，香山县派人前往澳门征税。

万历三十六年（1608年）香山县知县蔡继善制定了《制澳十则》，万历四十二年（1614年）海道副使俞安性、香山知县但启元勒石发布了《海道禁约》，二者成为葡萄牙人在澳门必须遵守的地方法规。澳门的军事、法律等都由中国地方官员管理，在澳门的葡萄牙人犯罪也由香山县处罚。

可以说，澳门在明代仍然由中国管辖，只不过是由葡萄牙人作为中国乡级地方官员进行管理。但是，到了鸦片战争之后，世界各国都想趁中国衰落之际弄些好处。葡萄牙人也不例外，在19世纪50年代以后，葡萄牙人所组建的政府机构就不再作为中国乡级政权存在了。

可以说，在明代晚期，葡萄牙人自从被朱纨打怕了之后，就开始了与中国政府的密切合作甚至还协助中国政府对抗欧洲三强的侵略。