虽然看上去不大情愿，但陆军高层仍然愿意让陆军航空队获得独立，究其原因一方面在于陆军担心如果不让飞行分队离开的话，后者有可能喧宾夺主；另一方面则由于在地面战斗中，指挥官对支援的空中掩护部队没有直接指挥权，陆军预见到在指挥与控制上迟早会产生问题。作为回应，自信满满的航空队将领们认为只要自己拥有投放“炸弹”的能力，其他军种都将顺理成章地沦为二流角色，单凭航空兵便可以迅速、轻易打赢任何一场未来战争，而海军当时还无力投放核武器。鉴于苏联毫无海军实力可言，有些人甚至质疑海军在美国未来的军事发展中是否还有必要存在。

海军对此反唇相讥，坚持认为控制海权对国防仍然至关重要，海军航空兵（包括核武器）在执行关键的海上任务时不可或缺。鉴于在投放原子和亚原子武器方面需要就多变的对抗局势作出抉择，海军将领认为陆基航空兵在这一点上不具备海军航母舰队一贯具有的灵活性。

正当各军种为各自在国家防御体系中的角色争论不休之际，华盛顿的国会圈子也在推动事态的发展。国会议员们希望确保国家军事力量能够更好的协调一致，保证既拥有更高的效率，又能节约开支。1947年《国家安全法》随之出台。这一法案并未使各军种达成一致，反倒成立了美国空军，使之成为武装部队中一个单独、平等的兵种。不过，新成立的空军并未吸收隶属海军与海军陆战队的航空部队。这一法案也未废除海军陆战队，陆战队依然保留作为海军的分支军种。

1947年《国家安全法》同时成立了国家安全委员会。国家安全委员会由国务卿、国防部长（具有内阁部长级别的新职位）、三大军种部长（此时为次于内阁部长级别）与总统任命的其他部署首脑组成，负责为总统出谋划策，协调与整合一切国家安全政策。

该法案还成立了一个被称作“国家安全机构”的二级机构。该机构归国防部长领导，由陆、海、空三军文职部长组成，旨在统一指挥三大军种。国防部长反过来将在政策方面得到参谋长联席会议的建议。参谋长联席会议由三军各派一名参谋长组成，同样负责就军事事务为总统出谋划策。这样，三大军种将成为行政管理部门，各军种部长由国防部长监督协调，各军种首脑就政策问题向国防部长与总统提出建议。而国家安全委员会则保证政府各文职行政部门通力合作。

这样的机构设置很快暴露出一个明显缺点：国防部长几乎无权敦促各军种部门协同合作。因为各军种部长拥有庞大的参谋队伍，并且可以通过国家安全委员会和其他非正式渠道与总统直接沟通。各位部长并不介意使用这些渠道，这样一来他们只要离总统够近，便可以撇开国防部长行事。