这些盛气凌人的主张让新教徒和天主教徒都感到异常愤慨，玛丽宣布放弃这些至高无上的权力，这些权力重新回到教皇手中。但随着伊丽莎白一世即位，国王又重新掌握了这些权力，这让新教徒和天主教徒感到更加愤慨。一个女人成为教会的最高领袖简直是荒谬之至，教会的领袖甚至不让她进入教堂，禁止她发表意见。因此，伊丽莎白认识到，她迫切需要改弦更张，改变她父亲的政策——根据克兰默的解释，按照上帝的旨意，这个国家的宗教事务必须完全为王室服务。在伊丽莎白统治期间，英国国教又重新掌握在新教徒手中。相比于亨利时代对权力的权威解释，伊丽莎白对权力的解释做了某些改变。克兰默曾经用坚定的语气宣称，上帝直接将安抚臣民的权力、对上帝安抚灵魂的话语解释权以及世俗领域的政治权全部授予了信仰基督的贵族。撰写于伊丽莎白时代的第三十七篇关于宗教的文章同样以坚定的语气宣称，解释上帝话语的权力并不属于贵族。国王依旧凌驾于教会之上，伊丽莎白依然掌握着大权，而且这些权力并没有明确的界定。对于异教徒和各种滥用宗教权力的行为，议会授予她进行约束和惩戒的权力。伊丽莎白派往各地的官员也代表着她的权威，大主教不过是她的内阁大臣。在11世纪，由于罗马教廷不肯授予世俗统治者任命教会牧师的权力，整个欧洲一片哗然。在我们这个时代，苏格兰教会已经有几百名牧师为此献身，但英国的教会却不必有这样的顾虑，因为只有国王才有权任命高级神职人员，只有国王才有权召开、管理、中止和遣散宗教会议，没有王室的支持，教会就会疲软无力。英国国教所遵循的一条原则就是，没有王室的支持，她的各种机构就不能合法运转。就连这个宗教观点是否应该被视为异端学说，对于圣礼的执行方式是否得当，教会的审判员也要在最后阶段请示国王的意见，但教会对王室权力的膨胀并没有怀恨在心。因为只有依靠王室的力量，英国国教才能生存下来；在发展的初期得到王室坚定的支持，才能免遭天主教徒和新教徒的围攻；在议会不怀好意的进攻下幸免于难，才有能力回应那些棘手的文字责难。因此，感激、希望、恐惧、和王室的联系以及他们共同的敌人使国教采取了支持和依靠国王的政策，她所有的传统和经历都带有浓厚的君主制的色彩。对国教的神职人员来说，忠诚成为他们职业节操的一部分，这一特殊的标志马上就能把他们和加尔文教徒以及天主教徒区分开来。虽然加尔文教徒和天主教徒在其他方面针锋相对，但都对世俗权力对精神领域的侵蚀充满了戒备。他们都认为，民众可以理所当然地拔出手中的剑来对付那些不敬畏上帝的君主。在法国，加尔文教徒反对查理九世的统治，天主教徒对亨利四世的统治颇为不满，而二者都对亨利三世怨声载道。在苏格兰，加尔文教徒囚禁了玛丽；在特伦特河的北部，天主教起兵反抗英王的统治。与此同时，英国国教对两个教派都大加谴责，并且公开宣称，其最重要的职责就在于永远追随和效忠于王室。

国王与英国国教建立了紧密的联盟，而这一联盟使国王受益匪浅，但这一联盟也存在着严重的缺陷。克兰默左右周旋使双方达成的这一妥协，从一开始便被大部分新教徒认为是一种耻辱，这迫使他们左右摇摆，在敬奉上帝的同时还要敬奉尘世的偶像。早在爱德华六世统治期间，新教徒的这种顾虑已经给政府制造了很多难题，当伊丽莎白继承王位时，这种情况更是雪上加霜，以暴制暴只会让情况更加糟糕。因此，自从玛丽一世残酷压迫新教徒之后，新教教义就变得更加激进偏执。在那个暗无天日的岁月里，一些积极宣传新教义的人被迫流亡到瑞士和德国。在那里，因为拥有同样的信仰，他们受到了热情的招待，受教于斯特拉斯堡、苏黎世和日内瓦的神职人员。几年时间里，这些传教士已经习惯了更简洁的礼拜仪式，倾慕更加民主的教权政治。而这一切是他们在英国从未见过的。这些人返回英国之后，认为相比于纯洁宗教的要求而言，爱德华所领导的宗教改革还不够彻底、不够广泛。但是，伊丽莎白不会向新教徒做出任何妥协。实际上，对于新教徒来说，伊丽莎白对于其王兄的政策所做的任何改变都只能让情况更加糟糕。因为信仰的原因，新教徒绝不会承认任何世俗的权威。最近，他们就按照自己的理解重新解释了《圣经》，并据此攻击了一座历史悠久的天主教教堂。新教徒充分发挥智力优势，摆脱了天花乱坠、驾驭一切的迷信，这实属罕见。在经历了这样的思想解放之后，他们绝不可能马上心甘情愿地接受一个新的精神束缚。长期以来，当神职人员树立了一个神，恭敬地对着这个神礼拜，好像祂就是现世的上帝时，他们已经习惯将民众看成是盲目崇拜的木偶，把教皇看作自己的首领，持有开启天堂和地狱之门的钥匙。但现在，他们开始把他看作背叛基督的人。对于罗马教廷，他们已经全无敬意，但也绝无可能马上效忠于一个盛气凌人的世俗政权。新教徒只会服从于教会的权威，但这个教会必须以他们对《圣经》的理解为教义。日内瓦的神职人员和风靡于整个欧洲的基督教信仰格格不入，他们也担心教义和日内瓦的宗教学说有所差异。那些受到自由鼓舞而变得勇敢无畏、敢于钻研的人，却眼看着国教逐渐按照王室的利益和爱好建立起自己的组织，逐渐效仿罗马教廷的风格，他们理当异常愤慨。