最初，麦克阿瑟就反对海军进攻瓜达尔卡纳尔岛。到目前为止，中太平洋本来就与他在太平洋西南部的指挥区距离较远，这时再直入那里，就更不合他意了。现在，他轻蔑地称这个战略为“跳岛战略”，而且在他看来这就是浪费时间——尽管这个战略与他自己提出的“蛙跳战术”并无多大区别。1944年夏，海军上将金提议美国的军队应绕过菲律宾，麦克阿瑟对此怒不可遏。麦克阿瑟坚持认为美国应信守对菲律宾的承诺，这是信用问题，金则反驳说这是感情用事。最后两人不得不同意诉诸罗斯福。

总统当时本应该应政治顾问们的邀请，在芝加哥参加民主党全国代表大会，但最后他却去了夏威夷，因为他不得不先把这一军事问题解决。7月26日，关岛激战之时，总统的飞机抵达希凯姆机场。尼米兹和麦克阿瑟刚从澳大利亚赶到，说明了各自的观点。在一次私人谈话中，麦克阿瑟竟然威胁总统，要是不采取他提出的战略计划，他就进行政治报复。如果他要返回菲律宾的诺言未能实现，“我敢说，这一定会引起美国人的反感情绪，那么在今年秋天的大选中，他们就不会给你投票”。他这种说法实在傲慢无礼，而且还可能是错误的。但是罗斯福似乎已预料到会出现这个问题，并在离开白宫之前就已做出决定。他回答道：“我们不会绕过菲律宾，继续执行你目前的计划吧。愿上帝保佑你。”

但是参谋长联席会议对此并不满意。他们在华盛顿争论了两个月，才同意麦克阿瑟反攻菲律宾的计划。与此同时，哈尔西提出了一个令人咋舌的提议。反攻菲律宾的原计划是先在贝里琉岛、雅浦岛和棉兰老岛登陆，但是哈尔西从其空中攻击看出其空军力量已经比较薄弱，所以他提议跳过这些，直接深入莱特岛，发动空袭。大家采纳了他的这项提议。不过，对于贝里琉岛的任务，现在取消也来不及了，所以就继续按照原计划进行，但这场战争的结果是惨烈的。在日本人眼中，比亚克岛就是一座有魔力的岛屿。他们把葛目的经验传递给贝里琉岛的司令官，于是他也让人挖掘洞穴。他们潜伏在天然的石灰岩岩洞里，地下有隧道连接，上面又有层层珊瑚砂和混凝土掩护，以此把美国海军陆战队第一师打得落花流水，让美国士兵们开始品尝痛苦的滋味。

贝里琉机场北部的山岭形状如同锯齿，待美军把那里的日军肃清时，4个美军师才涌上莱特湾的海滩。1944年10月20日，美军登陆一小时内，第382步兵团就升起了星条旗。4天后，沃尔特?克鲁格将军在岸上建立了第六集团军指挥站。山下带领的第35军正在进行反攻。此后，克鲁格将军似乎就困在这里了，并且在莱特湾上演了一场最大规模、前所未有的海军战役。