山本虽然已经死了，但是日本海军依然想完成他的愿望，和美国在海上一争高下，最好能够利用美国军舰忙着登陆的时间。这样说来，现在正好是个机会。4支日本特遣舰队在海上围攻哈尔西的主力舰队，而此时哈尔西的主力舰正忙于执行莱特岛的任务，还要保护托马斯?金凯德上将带领的旧式战舰和较弱的小型航空母舰队，因为它们力量薄弱。日军将领知道自己与美国的新武装力量无法抗衡——美国有218艘战舰，而日本只有64艘，所以他们策划出了这样绝妙的计划。莱特湾可以通过两条海峡抵达，一条是北部的圣贝纳迪诺海峡，另一条是南部的苏里高海峡。日军的主要力量由海军上将栗田健男带领，准备前往圣贝纳迪诺海峡；从南面而来的两支舰队驶入苏里高海峡，与此同时，小泽的第4支特遣舰队把哈尔西引到北部。这样金凯德的舰队就无计可施了。日军又要高喊“万岁”了！

日本派往南部的舰队有些倒霉。杰西?奥顿道夫将军已经封锁了苏里高海峡。日军的第一支舰队因遭受鱼雷和炮火的袭击，已经全军覆没；第二支舰队朝雷达图像上显示的区域开火片刻之后，发现那里只是些岛屿。一开始，栗田的运气似乎也很差。在去往圣贝纳迪诺海峡的途中，他的两艘重型巡洋舰被美国潜艇摧毁，最大的战列舰也被美国飞机击沉。然而事实上，这些损失却给栗田带来好运。哈尔西和他们交战之后，觉得他们该完蛋了，所以当他们看到小泽的舰队，就立即上钩，朝着这个诱饵猛追——圣贝纳迪诺海峡就完全没有防守了。10月24日夜间，栗田的军队摸黑潜入海峡。第二天天刚亮，他们就朝着毫无掩护的金凯德的航空母舰发起狂轰滥炸。

保护这些航空母舰的唯一屏障是驱逐舰和护航驱逐舰。这些战舰平常只用于反击潜艇，易受攻击，而且舰上的士兵大多都是婚后刚入伍的新兵。这些驱逐舰向栗田的战列舰发起反攻，那些英勇的护航驱逐舰，甚至连作战队型都没有学过，就冲进了日军的枪弹炮火之中。一些护航舰开始下沉，浓烟滚滚，栗田的战舰也同样陷入了一片混乱。美国航空母舰队起飞了所有能够起飞的飞机，栗田虽然率领着中途岛战役中日本最强大的战舰，还是掉头逃跑了。这次日军彻底受到打击。因为哈尔西还没反应过来小泽的船舰是诱饵，一直穷追猛打，彻底击溃了这支舰队。最后，日本在莱特湾战役中共损失3艘战列舰、4艘航空母舰和20艘其他各种战舰。日本帝国的海军彻底被毁灭了。

在莱特岛上，美国第六集团军和第八集团军正在逐步围攻敌军。圣诞节时，山下在马尼拉私自决定，放弃莱特岛。但是直到第二年的圣帕特里克节（3月17日），莱特岛才正式解放。那时，山下已经无能为力，黔驴技穷。12月12日，美国军舰袭击了棉兰老岛。三个星期后，美军4个师登陆吕宋岛仁牙因湾，几乎未遇到任何阻挠。他们绕过山下的北部防线，进攻巴丹，之后又攻击科雷希多岛，最终于3月初解放了马尼拉。