接着，5月21日晚发生了“马日事变”，国民党军官许克祥部在长沙查封了工会、农会，解除了工人纠察队、农民自卫军武装，并通电斥责工农运动。事变发生后，湖南各地纷纷效仿，其中有湘潭、衡阳、武冈、益阳、湘阴、桃源、永州、浏阳、临湘、安乡、辰州、叙浦等地。27日，许克祥等人在长沙成立了“中国国民党湖南救党委员会”，通令改组各级党部，迅速控制了湖南大部分地区。

“马日事变”发生后，陈独秀、鲍罗廷与新来的共产国际代表罗易发生冲突，鲍罗廷坚持派代表赴长沙与许克祥等人进行和平调解，并制止湖南工农过激行为，平息军人怒火。

陈独秀在5月23日的联席会议上指出：许克祥部的第二、第八、第三十五、第三十六军都是湖南的军队，军官们收到的来自家乡的都是坏消息，诸如家属被农协戴高帽游乡、被批斗被逮捕，土地被没收，财产被瓜分等。在这个情况下军官们就要镇压农民运动，而农民们想要平分土地，平分房屋等。因此，我们需要作出让步，就是目前情况下暂时不提出土地问题。这样做为了有时间“准备我们自己的军事力量”，以便有朝一日将那些不可靠的将军打倒。

对此，共产国际于6月2日发出了著名的“五月指示”，在这个指示中，共产国际虽肯定了工农运动存在“过火”，同意约束过火行为，但仍然坚持不得妨碍土地革命，不得妨碍建立新军，尤其过高地估计共产党在国民党中央的作用，一厢情愿地坚持在不破裂两党关系的情况下，马上组织共产党自己的军队，改组国民党中央，依靠汪精卫等国民党左派，开展土地革命，使武汉政府革命化。

对共产国际完全脱离实际的指示，陈独秀既气愤又无可奈何。

就在此时，江西省主席朱培德以“制止过火的工农运动”为借口，武装递解共产党员全体出境，同时查封全省工会、农会、学生会。

在这一形势下，在讨论莫斯科来电的专门会议上，陈独秀对“五月指示”提出不同意见，认为莫斯科不了解中国的实际情况，“农民运动引起的过火行为（破坏了）同地主、绅士和军官的统一战线。过火行为也妨碍了土地问题的解决。”必须“先纠正过火行为，然后采取解决土地问题的进攻性措施。”

对于改组国民党中央，陈独秀称：

“国民党的领导是在党的代表大会上选举产生的，现在我们怎么能改变它呢？”

对于组建新军，陈独秀认为此时中共没有这个能力。最后，陈独秀说：

“我们衷心赞同指示，但问题是我们党未必能够贯彻执行”。

罗易对陈独秀的态度表现出极大的愤慨，指责陈独秀是“国民党在共产党内的代理人”，扬言“应当把陈独秀清除出共产党领导机构”。