在这场斗争中，更为冤屈的是西路军全体官兵与不曾过河的红四方面军的大批干部。到延安后，没过河的四方面军干部均进入延安抗日军政大学学习。在这里，四方面军的大批干部被整肃。时任四方面军第四军军长的许世友因不满将张国焘的问题与四方面军扯在一起，在抗大一队的批判会上狠狠放了一炮：

“如果说张国焘是逃跑主义，那么中央红军从中央苏区撤出来，就不是逃跑了？打不过敌人了，换个地方再打，怎么叫逃跑呢？四方面军撤到川北，部队不是发展了吗？这样的逃跑，有什么不好！有人说张国焘搞分裂，我不那么看，我就知道有人一夜之间走没了。怎么跑了的不是搞分裂，没跑的倒是搞分裂，真让人想不通"

随后发生了以许世友为“主谋”的所谓“抗大反革命暴乱案”，数十名高级将领被公审判刑；3月下旬中央政治局扩大会议作出《中央政治局关于张国焘同志错误的决议》后，张国焘本人也在于4月6日写了《关于我的错误》，刊登在《党的工作》第31期上。

延安会议之后，心灰意冷的张国焘搬出延安城，来到郊区一处破庙中的石头窑洞里居住，过起不问世事的隐居生活。“七七事变”爆发后，张国焘想为抗日出一份力，因此又萌生出来工作的想法。8月下旬，中共中央洛川会议召开，会议撤销了张国焘在军队中的职务。由于张国焘表示愿意出来工作，9月6日陕甘宁边区政府成立，张国焘被任命为边区政府副主席，因主席林伯渠另有职务无法脱身，张国焘代理主席职务。

张国焘结束隐居生活，搬进陕甘宁边区政府院中，此时他的妻子杨子烈及9岁的儿子张海威也辗转来到延安，夫妻、父子已经分别7年，如今能够生活在一起，张国焘心中多少感到一些安慰。

张国焘正式出任陕甘宁边区政府代主席后，立即制定财政税收政策，规定各县政府与边区政府关系及其工作方针等等，使得财政收入有所增加，工作开展顺利，取得了一定成效。但由于与毛泽东等人旧有的裂痕，在一些具体问题上与中央发生冲突后无法协调解决，对毛泽东及其他领导人再次产生怨恨，认为中央企图使他成为一个挂空名的政府主席。

如此一来，张国焘原有的工作热情全部消失，将工作交给秘书长，自己做起来挂名政府主席。

就在这时，在西进中失败后逃回湖北老家的陈昌浩来到延安，立即遭到党的批判，批判陈昌浩的同时，又将矛头对准张国焘，称张国焘之前虽承认错误，但不彻底也不诚心，要对张国焘继续开展批判斗争。想到此前中央领导曾表示过去的斗争已经结束，以后绝不会再旧事重提，如今抗日紧要关头，中央却耗费一周时间对他展开大规模批判，令他怒不可遏。

此时，张国焘已经有了离开延安的打算。