师生纷纷入会。甲种会员有李大钊、陈独秀、许德珩、沈尹默、章士钊、马寅初、罗家伦、胡适、王宠惠、张国焘、辜鸿铭等；乙种会员有蔡元培、范文澜、傅斯年、钱玄同、周作人等；丙种会员则有梁漱溟、李石曾、张崧年、傅汝霖等。

1917年7月1日，早起的市民突然发现北京的大街小巷飘起大清国的龙旗。北大门口也围满了辫子兵，他们呵斥校役，要求在校园中挂上龙旗。

张勋率领六千辫子军开进北京城，以调停黎元洪和段祺瑞的“府院之争”为名义，上演了一出复辟闹剧。

张勋勒令黎元洪三天内解散国会。

面对急剧恶化的政局，原本正在潜心研究成立北大评议会的蔡元培，在第二天向总统黎元洪递交辞呈，离开了北大。

蔡元培说：近日北京空气之恶达以极点。

张勋复辟闹剧12天之后即以失败而告终。出走天津的蔡元培也回到了北大。蔡元培执掌北大十年七次请辞，这是第一次。

国际时局此时也传来好消息，1918年11月11日，第一次世界大战以协约国的胜利告捷。作为战胜国的中国，极有可能收回被德国抢占的胶东领土。北京大学师生在天安门前搭台欢庆。在天安门的庆祝大会上，蔡元培激情发表了《黑暗与光明的消长》的演说。

12月1日，由北京政府外交总长陆徵祥率领的代表团踏上前往巴黎和会的旅程。

1919年3月18日，正当蔡元培开始密切关注巴黎和会的动态时，桐城派古文学家林琴南突然在《公言报》上发表致蔡元培的公开信，公开指责他“覆孔孟、铲伦常”，“尽废古书，行用土语为文字”，还发表讽刺小说，影射陈独秀、胡适、钱玄同和蔡元培。锋芒直指以北大为阵地热烈开展的白话文运动。

当天，蔡元培写下《致〈公言报〉并答林琴南君函》，公开发表在《北京大学日刊》、《新潮》杂志及《公言报》上。在这封信中，他首次概括了自己办北大的理想：

（一）对于学说，仿世界各大学通例，循“思想自由”原则，取兼容并包主义，无论有何种学派，苟其言之成理，持之有故，尚不达自然淘汰之运命者，虽彼此相反，而悉听其自由发展……

（二）对于教员，以学诣为主。在校讲授，以无背于第一种之主张为界限，其在校外之言动，悉听自由。本校从不过问，亦不能代负责任。例如复辟主义，民国所排斥也，本校教员中，有拖长辫而持复辟论者，以其所授为英国文学，与政治无涉，则听之；筹安会之发起人，清议所指为罪人者也，本校教员中有其人，以其所授为古代文学，与政治无涉，则听之……

林琴南曾经在京师大学堂担任经文教员，他对蔡元培上台以后做的种种改革举动颇有意见，他觉得蔡元培所做的工作是在颠覆传统的孔教伦理，而新文化运动推行的白话文简直就不是文字。对此，蔡元培却认为任何东西都可以作为学术探讨的对象，哪怕它只是民间的歌谣，民间的传说。蔡元培曾说：“我素信学术上的派别，是相对的，不是绝对。所以每一种学科的教员，即使主张不同，若都是‘言之成理、持之有故’的，就让他们并存，令学生有自由选择的余地。”

他也不反对孔孟，当然一些激进的青年反对。作为大学校长，他认为既可以用尊孔者辜鸿铭，也可以用反孔者陈独秀。拖着长辫的辜鸿铭不买胡适的账，坚持旧文学的黄侃在课堂上大骂倡导新文学的师弟钱玄同有辱师门，但蔡元培绝无门户之见。这么大的国家，学问必须是多元的，不这样做是不行的，这个改革永远完成不了。蔡元培在这点上为了贯彻自己办学的方针，为了给北大创造一个自由的、宽松的知识的环境，他是不惜一切的。