在北大，最高的权力者并非校长蔡元培，最高决策机构是教授组成的评议会，重大事情都在评议会上决定。这就给教授们管理学校创造了条件。北大那么有活力，一个重要因素便是教授参与了决策。

1923年6月24日，蔡元培又一次辞职离开时，写信给北大学生：“北大校务，以诸教授为中心。大学教授由本校聘请，与北京政府无直接关系，但使经费有着，尽可独立进行。”

同一天，他给北大教职员的信里说：“五月以来，北大校务，赖评议会维持办理……董事会未成立之前，拟请教务长、总务长与各组主任会设委员会，用合议制执行校长职务，并请委员会公推主席一人代表全权。照此进行，似无窒碍。合诸先生学理、经验之所具，而益以和衷共济之精神，以运用于北京大学积年改进之组织，区区校务，游刃有余。培一人之去就，又何关轻重耶？”

7月5日，北大评议会写信给他，校长还是要他完全负责，他未回校前，或由个人，或委请机关负责，由他决定。12日，他回复北大评议会，前信主张以合议制执行校长职务，征集各方意见，均不赞成，他愿取消前议，主张请个人负责，还是请蒋梦麟代理。

1926年4月25日，北大教授、绍兴老乡周作人给他写信说：“‘教授治校’，此为北大之特长，使校长不妨暂离之原因。”但还是希望他能回到北大，“与北大前途关系至大”。5月15日，蔡元培回信表示，自己对于北大，既不能脱离，而久旷职守，惭愧万分。但是，他再也不想回北大了。

既然实施科学教育，尤要普及美术教育

1927年蔡元培被任命为中华民国大学院院长，为实行全国范围的教育救国，他在中国推行大学区。1928年他将北大划入北平大学区范围，“于是我的北京大学校长的名义，始得取销”。蔡元培的教育救国、学术救国是成功的，那时期的北大，很多学子都成为国之栋梁。许智宏说：“蔡先生倡导一所大学应与整个国家和社会的命运紧紧相连，这一思想至今仍具有深远意义。”又诚如金耀基所说:“蔡先生实不止属于北大的，他是属于整个学术界文化界的。”

蔡元培任大学院院长时，筹建中央研究院，李四光、竺可桢、梁思成、陈寅恪、李济等群英麇集麾下。他架构起中国现代科技体制，但又强调“文化进步的国民，既然实施科学教育，尤要普及美术教育”。

蔡元培是在中国提出美育的第一人，他的“以美育代宗教说”闻名于世。社会正在变革的时期，蔡元培推动了美育极大的发展，他是做这个事情取得效果最大的一个个人。

在北大时，蔡元培就将艺术与美育纳入北大教育系统，开设美学和美术史，亲讲美学。诚如他言：“十年，我讲了十余次，因足疾进医院停止。”

蔡元培更是“欲谋全国艺术之普及”。徐悲鸿、刘海粟和林风眠，无一例外均得助于蔡元培的提携。蔡元培在法国就慧眼识中林风眠，资助其生活。1928年更是不拘一格任命28岁的林风眠为国立艺术院首任院长，造就中国最年轻的一位大学校长。民国著名女画家、蔡元培最疼爱的女儿蔡威廉也任教于国立艺术院。教务长林文铮娶了蔡威廉后，蔡元培对女婿说：“你不要从政做官，把一生精力投放在艺术事业中去，就在这里干一辈子，帮助林风眠把学校办好，他一个人是很难办下去的。”

雕塑家刘开渠原本是国立北京美术学校西画系毕业生，在大学院当抄写员。他对蔡元培说自己想出国学雕塑。1928年蔡元培就将他以“驻外著作员”身份派往巴黎，月薪80元。他在巴黎国立美院学业有成时，蔡元培又适时来信：“国内的雕塑事业需要人才”。他的召唤使刘开渠1933年归国，后来成为新中国雕塑事业的奠基人。