顾宜凡：有一次在清华，陈诚来见一些教授，进行座谈，会后他说顾毓琇这个人我要认识一下，后来他就介绍我祖父去见了蒋介石。我祖父那时候很年轻，但资历已经很老，蒋介石就觉得他是教育界一个可用的人士。1938年建立联合政府的时候，蒋介石就亲自指定顾毓琇做教育部政务次长。当时这个政府里大部分都是国民党的人，也有一些社会贤达，我祖父顾毓琇是作为无党派人士进入政府的。

当时蒋介石可能有这样的考虑：因为是陈立夫做教育部部长，张道藩做教育部常务次长，但他也是一个做党务的，蒋介石可能就需要一个真正懂教育，而且又没有党派纠葛的人进入教育部，那么就选了我祖父去。

顾毓琇将工学院院长一职移交给了施嘉炀，就此走上从政的道路。这本非顾毓琇的初衷，但“显而易见的是，国民党、共产党和其他党派，都将投身于反抗日本侵略的战争。自此，我也会称政府为国民政府，而不再是国民党政府。我投身服务的是一个国民政府，因我并非任何党派的成员”。

放下一切党派的争辩而将自己的所有尽数奉献于国家，投身于抗战，这便是顾毓琇当时的思量。但战争来势汹汹，即使身为政府高官，顾毓琇仍不免受战火牵连而颠沛流离。他和夫人王婉靖带着5个孩子，先后从北平辗转至长沙、上海、南京，之后又跟随国民政府来到陪都重庆，一路上，战争的残酷分外真切。

顾慰庆（顾毓琇之子）：1938年5月3日，重庆大轰炸，那时候炸得我们家边上都是残片，房子都炸坏了，然后燃烧弹烧起一片火光。5月4日，日本人又大轰炸，我父亲连夜带着我们全家人逃到北碚，那真叫逃难了。

在重庆的生活充满着艰辛，但顾毓琇仍有苦中作乐的闲情：“我们先是在北碚租了房屋，婉靖带着5个小孩不断‘跑警报’（即躲警报，时人因跑比躲显得娴雅，而以跑称之）。婉靖怀着慧儿一天一天身重，为着躲避警报，我们兄弟三人在喜莲丛里搭了三间茅屋，朋友们因为这里是‘三顾’所在，为我们赠送了‘茅庐’的雅号。”

就在顾毓琇的茅屋喜莲斋中，小女儿慰慧出生。女儿的乖巧给顾毓琇带来莫大的安慰，“一切艺术的美抵不过我们这个小女儿的天真”。然而，连天战火中，这个弱小的生命竟很快夭折。

顾慰庆：因为躲警报，在防空洞钻进钻出，她得了肺炎，后来不到两岁就死了。我当时已经9岁多了，印象很深，我父母非常伤心。我父亲就写了纪念我小妹妹的散文，叫《慰慧》。

“慧儿因抗战而生，亦因抗战而死；没有抗战，也许便没有她的生，因此也便没有她的死。”在纪念幼女的文中，顾毓琇满怀悲伤，但时势却容不得他过多地投入私人情感中。书生报国，唯有手中一支笔，在战火纷纭、家国罹难的年代，顾毓琇奋力投入了文艺救国的浪潮中。他先后创作了抗战话剧《古城烽火》、《岳飞》，组织劳军公演，鼓舞后方士气。他坚信中国必胜，不断地鼓舞知识分子的抗战信念：“如知识分子认为抗战有望，也未必得胜，但如知识分子认为抗战无胜利希望，则抗战必败。”

从1938年年初到1945年，顾毓琇受蒋介石之邀，先后出任国民政府教育部政务次长、国立中央大学校长、国立音乐学院院长、上海市教育局长等职。不过在就任上海市教育局长的前两天，日本宣布无条件投降，这让已过不惑之年的顾毓琇欣喜若狂。紧接着，他的首要任务变成了协助中国陆军总司令何应钦处理日本在南京的投降事宜。