1945年9月9日，顾毓琇以陆军总司令部中将参议的身份，出席了日本在南京的受降典礼。典礼之后，他心潮澎湃，即刻写了一首诗：

受降台筑紫金山，

八载艰辛奏凯还。

雪尽马关奇耻辱，

功成观礼我随班。

在顾毓琇看来，参加日本受降典礼无疑是此生最高兴的一件事情，“奇耻异辱，至此方可透过气来”。

然而，胜利的喜悦未能持续多久，很快，国共两党交锋开始，内战爆发。全中国再次陷入炮火的纠缠中，经济崩溃，民生艰难，而国民政府却一意为战，独裁和腐败让国家唯能在存亡之际挣扎。此时的顾毓琇，心里也积累了很多对国民党的不满。

顾宜凡：他一直是有一些左倾的，比如说他跟陈诚讨论的，要让农民“耕者有其田”、国家要发展工业、不能长期无限制地搞训政等等这些思维，都是有一些左倾的。

顾慰庆：有时候也会议论到国民党的腐败，特别是当时在重庆，对孔祥熙、宋子文等四大家族，老百姓也有很多不满的言论，那他们有时候也会议论到这些问题。

正是这份不满，让顾毓琇的心里渐渐有了远离国民党的想法，他也并不像旁人一般关心战争局势的变化、计划自己的前程。国民党逐渐败了，共产党渐占上风了：1949年春，国民政府行政院迁往广州；4月23日，百万雄师横渡长江占领南京——顾毓琇并没有在这些变化面前闻风而动。

此时的他正在上海，因为高烧不退而进入哥哥开办的医院医治。很多人都来劝说身为国立政治大学校长的他随国民政府南迁，但身体好转之后，他却留在了上海。他开始做在新政权下到大学教书的打算。

顾慰庆：他曾经表示他不走，说他对国民党已经失望了，而且隐隐约约地讲，“共产党来了，我一样教书”。而且他在共产党内也有不少学生，都欢迎他留下来。

但顾毓琇最终却并没有留下来：“5月9日，我和婉靖及女儿登‘中兴轮’从上海到达台湾基隆。因我身体依然虚弱，又只有极少时间安排旅程，我们所携物品不多。”

顾慰庆：后来为什么走呢？据我所知，国民党当时有个人叫杭立武（时任教育部部长），这个杭立武代表国民党当局来找他，说：“你一定要走，你不走的话，要加以制裁。”另一个原因是，他当时是政治大学的校长，他说依照老传统，校长还没辞掉而他又不在的话，学校的经费、教职员工的生活都有问题，他要去辞职，正式地把大学校长的职务辞掉，才能到美国去教书。所以在这个情况下，他离开了大陆。

但他的子女中却有三个人都留了下来，这有些出乎顾毓琇的意料。