1937年卢沟桥事变发生，日本开始全面侵华。不久，北平沦陷。杨仲子的大名早已为日本侵略者当局熟知，他们多次上门劝说其出来继续办音乐教育。好言相劝被拒绝后，日本当局只好利诱，开出种种优越条件任其选择，也被其拒绝。日本侵略者当局为此恼羞成怒，竟以刺刀相逼。是做一个亡国奴、汉奸音乐家，还是做一个爱国的保持高贵民族气节的音乐家呢？杨仲子临危不惧，义无反顾地选择了后者。他一方面与日本侵略者周旋，一方面准备只身秘密出走事宜。他托人卖掉心爱的钢琴为妻子燕妮和儿子安排生活。不几日，他购置了长衫，整理了盛着石头和刻刀的小皮箱，乔装成刻字匠人，由燕妮送至天津。年过半百的杨仲子，带着一颗爱国之心，绕道香港、越南，经云南、贵州到达战时的陪都重庆，任重庆白沙国立女子师院音乐系主任兼教授。他全神贯注于音乐教育，不辞辛苦地编写教材和教学曲目。他的心中只有音乐，即使生活条件简陋、物资匮乏，也没有退缩。身穿阳丹士林的长衫大褂，和广大师生住同样的茅草房，点同样昏暗的桐油灯。

从北京南下，辗转漂泊大西南，杨仲子在抗日烽火的焙炼下，艺术观和人生观也逐渐发生变化。他挣脱了早年为艺术而艺术的唯美主义的影响，把目光转移到灾难之中的中国之命运。担任国立音乐院院长期间，非常重视民族音乐的学习和社会性的艺术实践活动。不但组织师生排演了曹禺的名剧《日出》，还走向社会举办音乐会，演出了《我所爱的大中华》《海韵》及应尚能作曲的《荆轲》清唱剧等具有民主爱国思想的音乐作品。在困难的境况下，整个音乐院也办得生机勃勃，有声有色。