据李仲公说“中山舰事件”发动前，“蒋曾由广州密电征求意见。电文大意是‘广州有要人（暗指汪精卫）联合重要方面（暗指中共和俄顾问）反对他，使他处境极苦，他打算下野以避风头。但下野后到哪里去呢？到上海，西山会议派正在上海开会；到日本，又不愿此时避居国外；茫茫大地，几无容身之地，午夜徬徨，筹思无策，我兄其何以教我’等语。何接到这封亲译电后，马上复电表示他自己和第一军坚决支持蒋，一切作蒋后盾，必要时请蒋到汕头指挥；并指天誓日地请蒋相信他。蒋接电后就决心发动中山舰事件的阴谋。”李仲公还说，何、蒋之间的电报，均由何应钦之四弟何辑五亲译，事后才透露出来。

另据参与制造事变的蒋介石的拜把兄弟陈肇英记述：事变发生前，“蒋总统一度决定前往汕头，以谋再起，且已买好赴汕头的船票，但在驱车将要到达轮船码头时，最后在车中向随行记者说出自己的决心，仍然返回广州市内。”可见，蒋在事变前确与何应钦有过密谋，并得到何的保证与支持，如事有不济或采取另外的方式发动时，蒋便可以到汕头，利用何应钦手中的武力和地盘，与广州的国民政府对抗。

3月20日蒋介石在广州采取行动的同时，何应钦也在汕头拘捕了第一军中的共产党员，连第一军党代表兼政治部主任周恩来也被软禁了一天。之后，又将第一军中的党代表“统统调回政治训练部来再行训练”，强迫第一军中的中共党员全部撤出。由于何应钦的配合，蒋介石顺利地篡夺了第一军的军权。

1926年3月1日，黄埔军校改为中央军事政治学校。国民党左派邓演达任教育长。由于邓反对“孙文主义学会”，与王柏龄等右派分子进行了针锋相对的斗争，被蒋介石目为亲共分子。邓当面斥责蒋介石制造“中山舰事件”，“疑近于反革命”，被蒋调离军校，而教育长这一重要职务，就由何应钦兼任。由此进一步奠定了何应钦在黄埔系中一人之下万人之上的地位。

5月15日，国民党在广州召开二届二中全会。蒋介石又抛出了进一步打击共产党，夺取国民党党权的“整理党务案”。参加这次会议的何应钦完全站在蒋介石一边。以陈独秀为首的中共领导和国民党左派在事前估计不足和毫无准备的情况下，又作了妥协让步，提案获通过。随后，担任国民党中央组织部长的谭平山、宣传部长毛泽东、农民部长林祖涵以及中央执行委员会秘书长刘芬等全被撤职。蒋介石当上了中央执行委员会主席、中央组织部长（由陈果夫代）、国民革命军总司令。这样，蒋介石实现了集党政军大权于一身的阴谋。蒋虽露出了国民党新右派的嘴脸，但他还不敢公开背叛孙中山的三大政策。何应钦也不敢公开与共产党决裂，公开反对革命。因为当时蒋介石的势力还只存在于广东一隅，何应钦在东江一带根本无力控制共产党领导的工农运动。在国民党、国民革命军和黄埔军校中，共产党和国民党左派仍然保存了很大力量。何应钦还要帮助蒋介石，利用共产党和工农运动的力量，把他们的势力扩展到广东以外去，不得不尽量掩饰其国民党新右派的真面目。

何应钦兼任军校教育长以后，“时时往来黄埔与东江间”，原因似乎很简单，为“军校内部之安定与团结”和“维系员生感情”。6月7日，何应钦由汕头到达黄埔，到20日才返回防地。在广州的十多天里，何与蒋介石多次密谈，内容涉及“军校有关事宜与奉上对下之道”。何、蒋关系正秘密地在反共道路上加深和发展。