武装“讨伐”不得人心，何应钦便采取釜底抽薪之法，派遣特务分子从抗日同盟军内部，对邓文、张人杰、李忠义等部进行分化瓦解。邓文因勾结何应钦事泄，被部下杀死。何应钦更与日伪军相串通，仍以大军围困抗日同盟军，又配合特务、汉奸的分化、策反，使同盟军内部矛盾日益尖锐，有的几至动武。8月中旬，冯玉祥召集各部将领会议，想以自己的辞职而使何应钦的“讨伐”失去借口，以保全抗日实力。但抗日同盟军大部分不愿离散，他们在吉鸿昌等人的领导下，改名为“抗日讨贼军”，坚持“外抗暴日，内除国贼”的行动纲领，分兵北进滦东，继续抗日。

何应钦认为冯玉祥已离职，抗日同盟军名义已取消，扬言察事已解决。冯玉祥既无发号施令的名义，便不足为虑。何便毫无顾忌地与日伪勾结，对付共产党员吉鸿昌等人领导的抗日武装。从9月26日开始，日军第八师团第五联队开赴怀柔及牛栏山，与何应钦所部国民党军围攻吉鸿昌、方振武所部抗日武装。使吉、方部队在高丽营、昌平一带惨遭阻击轰炸。10月5日，何应钦在北平与日本关东军参谋喜多诚一和第十四旅团参谋远藤共商“讨伐”吉鸿昌、方振武的办法。结果，日本方面允许何应钦派一师兵力越过“长城之线”，以十天为期“围剿”吉、方部。何应钦调集商震、关麟征、庞炳勋所部国民党军，分别从东、南、西三面合击，日本飞机又跟踪追击，致使吉、方两部抗日武装弹尽粮绝、伤亡惨重而失败。吉鸿昌被迫转入地下，在平津一带继续进行抗日斗争。

吉鸿昌在平、津一带活动，使何应钦深感恐慌。蒋介石派特务头子戴笠到北平，配合北平军分会政训处的特务们一起搜捕吉鸿昌。11月，特务郑介民与在何应钦手下当政训处挂名科员的特务卢起勋，勾结帝国主义分子，在天津法租界内的国民饭店将吉鸿昌刺伤后逮捕，并引渡到北平，交由何应钦亲自审讯。吉鸿昌在敌人法庭上大义凛然，痛斥蒋介石、何应钦的无耻卖国罪行。何应钦从吉鸿昌身上一无所获，悍然下令将吉鸿昌枪杀。