这年的2月12日，在袁世凯软硬兼施地逼迫下，清帝逊位。孙中山履行对袁世凯的承诺，向临时参议院举袁世凯为临时大总统，但提出建都南京，新的临时总统必须到南京就职等条件，而袁世凯推出各种理由迟迟不南下。2月15日，在孙中山的授意下，广东都督陈炯明发出“咸”电支持孙中山主张。16日陆荣廷发出“铣”电响应陈炯明：“粤都督咸电，钦佩莫名，迁都北京如果实行，陆荣廷当亲率精兵百队随陈督后，克日出发，与各都督会师中原，务望前敌诸公努力争持”，以彻底摧毁旧势力。这是中华民国立而未立的关键时期，陆荣廷自告奋勇提出的第三次要亲率广西军队北上，以臻民主共和全功了。第一次是汉阳、汉口陷于清军之手，武昌危急之时；第二次是南北和议袁世凯让北方四十八名将领威胁南方革命党，孙中山组织北伐军，而清帝尚未退位之时；这是第三次。

2月17日，陆荣廷又致电孙中山：“清帝既已退位，南北自应一统，孙总统因爱平和，功成身退，拿破仑、华盛顿之勋业，无以逾此。袁公世凯既系实意赞成共和，举任总统，自能胜任。参议院本无选举之权，为大局平和起见，委曲求全，亦不再加责备。但国都地点，现在必定南京，袁公未到之前，孙公万万不可退位。”但北京发生兵变，形成袁世凯不能离开北京的紧张局势，南京方面只好同意袁世凯于3月10日在北京宣誓就任临时大总统。4月1日，孙中山正式解除临时大总统职务。陆荣廷立即致电孙中山，电文称：“先生以共和倡导吾民，崎岖海外，备历艰危，卒能扫四千年专制之毒焰……丰功已成，引身以退，历溯古今中外英雄豪杰，无以逾此。天生伟人，适所以福我中国也。在先生高尚为怀，大德不德，大名不名，而吾民依慕之微忱，益以此缱绻而不能已。此后民国与天壤共立于不敝，先生缔造之精神，亦与之不敝也，千秋万岁，曷其有极！临楮不胜诚恳依恋之至。”5月5日，陆荣廷又特意发电邀请孙中山到广西视察，赞扬孙中山是“革命元祖，世界伟人……务请假道南关，俾荣廷得聆诲言，藉收策进共和之效”。时在广东的孙中山也愉快地回电：“倘粤各事稍就绪，有暇必到桂一行，藉以畅叙生平为快也。”此时的陆荣廷，对于推翻清廷的革命元勋孙中山充满了朴素的感情，除了竭尽全力地处理着省内军民政事，也以满腔的热忱服从和拥护新生的中华民国政权。