毛泽东认为,整风运动的重点是高级干部。1941年9月10日至10月22日,中央政治局召开的扩大会议,揭开了中央领导整风的帷幕。为时一个多月的会议,主要讨论党的历史上特别是土地革命战争时期的路线问题,批判主观主义和宗派主义。与会的大多数领导人都是检讨错误,但在谈到党的白区工作时,在将近三个星期的发言中,不少人都认为刘少奇堪称党在白区工作正确路线的代表。陈云首先指出：过去十年白区工作中的主观主义,在刘少奇等同志到白区工作后才开始改变。刘少奇批评过去的白区工作路线是错误的,现在检查起来,刘少奇同志是代表了过去十年来的白区工作的正确路线。据此,他提出：有些干部位置摆得不适当,要正位,如刘少奇将来的地位要提高。任弼时说：主观主义在认识论上是唯心论,在政治上的具体表现就是“左”或右的机会主义。我党的毛主席、刘少奇同志能根据实际情形来工作,所以犯主观主义少些。王稼祥说：在白区,刘少奇同志代表了唯物辩证法。康生在发言中还检讨了自己在白区工作政策上同刘少奇的分歧,承认今天看起来刘少奇是对的,他反刘少奇是反错了。还说：主观主义的错误路线把白区工作弄光了,如果那时中央是刘少奇负责,情况将是另一样。刘少奇当时在华中局,未参加这次会议,但他的政治形象已被树立起来。人虽未进中央,但参与中央核心领导的态势已经形成。

毛泽东在政治局扩大会议上虽然没有对陈云、任弼时等评价刘少奇的发言作明确表示,但在会后所写的《关于四中全会以来中央领导路线问题结论草案》和《关于1931年9月至1935年1月期间中央路线的批判》两个重要文件里,多处称赞刘少奇是“很好的与很老的群众领袖”,“正确的领袖人物”,是唯物辩证法的革命观点的代表,并多次援引刘少奇的观点反驳执行王明路线的中央对刘的责难,说：“刘少奇同志的见解之所以是真理,不但有当时的直接事实为之证明,整个‘左’倾机会主义路线执行时期的全部结果也为之证明了。”在延安时期,毛泽东在讲话和文章中对一个中央负责同志给予这样高的评价是极其罕见的。这说明毛泽东对刘少奇的倚重,也表明给刘少奇“正位”已经到了瓜熟蒂落的时候。

因此,在1941年“九月会议”后期,中央决定刘少奇回延安参加中央领导工作。毛泽东亲予电告,并授权刘少奇作为中央代表在回延安的沿途指导各个根据地的工作,特别委派他帮助解决山东根据地党的领导层的分歧。毛泽东还对刘少奇通过敌占区的一道又一道封锁线的安全问题亲自过问,不断电告沿途各根据地党和军队的领导人对刘少奇的安全负全责,要用尽一切办法来加以保证。直到1942年底刘少奇回到延安,毛泽东才放下心来。刘少奇在路上走了近十个月,毛泽东那种挂念、担心、关怀之情溢于张张电文。这在他与党的领导人信电往来中绝无出其右者。这表明毛泽东对刘少奇寄予了多么殷切的期望。

刘少奇回到延安后不久,中央领导机构作了重大调整。

1943年3月,中央政治局会议通过《关于中央机构调整及精简的决定》,重新明确政治局和书记处以及下属各机构的权限。会议改组书记处,由毛泽东、刘少奇、任弼时三人组成。根据刘少奇关于书记处应设一个主席、其他两个书记是主席的助手的提议,会议一致推选毛泽东为中央政治局和书记处的主席。会议决定设立中央宣传委员会和组织委员会作为中央政治局和书记处的助理机关,由毛泽东任中央宣传委员会书记,刘少奇任中央组织委员会书记。刘少奇还参加中央军委领导,任军委副主席。这样,在党中央实际形成了以毛泽东为第一把手、刘少奇为第二把手的新格局。