商务印书馆原本是由夏瑞芳、鲍咸恩、鲍咸昌、高凰池诸君于光绪二十三年（1897年）在上海开办的一家小型印刷厂，最初主要出版外语读物。夏瑞芳，印刷工人出身，眼界阅历底蕴皆有所限。在元济进馆前，虽已出版书籍十六种，皆为英文课本和语法词典。 

20世纪初，中国传统教育向近代教育转轨，各类新式学堂如雨后春笋般纷纷设立，而编写与之相适应的新式教科书便成当务之急。元济素以推动新式教育为己任，且已有丰富的办学经验，针对大多数所谓新式学校仍以四书五经和教会学校课本作教材的现状，他以敏锐的眼光和务实的作风，推动商务印书馆投入巨大的人力、物力编定自成体系的教科丛书。考虑到自然科学知识绝大部分来自国外，故而翻译国外教材且针对国情予以调整消化，便成为编定教科书的必由之路。到馆伊始，元济便倡议设立编译所，聘蔡元培为所长，主持编定教科书。在蔡元培因苏报案离开上海避居青岛后，元济接任编译所长，亲自主持编译工作。元济出身翰林，旧学功力深厚。文史部分虽需立足国内，然亦需按新式理念予以分类整合与取舍。可谓双管齐下，相辅相成。而元济对中西学问皆能融会贯通，游刃有余。

光绪二十八年（1902年）初，元济诚请热心推广新式教育的著名科学家杜亚泉先生编定蒙童教科书《文学初阶》，其第一、二卷于当年6月出版问世。就知识的深度广度和通俗性而论，为当时新式教材所仅见，颇得社会好评。同时，元济延请夏曾佑先生编写《最新中学中国历史教科书》，此为中国第一部章节体通史。据统计，辛亥以前，商务印书馆共出版各种课本三百七十五种。元济对于推动中国教育的近现代化可谓功不可没；商务印书馆亦得以抓住这一良好机遇，很快便宏图大展。