蔡元培一生，甚为清苦。早年为避清廷追捕流亡法国，在巴黎与同盟会员集资开豆腐店，把赚来的钱用于革命。

1907年蔡元培赴德留学的费用，还是托请新任驻德公使孙宝琦的兄弟孙宝瑄及叶瀚为之关说，在公使馆谋一职而得。同时，为照顾家庭生活，他与商务印书馆签约，为其在海外代编译书稿，预支些许稿费以敷家用。抵德后为谋生，他还任唐绍仪四个侄子的塾师，讲授国学；一面自己还得请老师补习德文。蔡元培自言其时是过着“半佣半丐之生涯”。吴稚晖在致他的信中大发感慨：“先生处境之困，社会有人，当引为罪。”

蔡元培是1905年入同盟会的老会员。1913年宋教仁遇刺，南北交恶日深，为革命他必须返国，没有路费，不得不临时向李石曾、张静江筹借。

马鉴、马叙伦在忆文中说，为革命，蔡元培在上海办女校的同时兼办《警钟》报，十分艰苦。冬日滴水成冰，室内无烤火设备，蔡先生披件蓝色棉大衣，每晚要写两篇论文（一文言，一白话），其右手冻疮溃裂，肿得如馒头一般。右手套一只半截露指的手套写稿，左手放在大衣袋里取暖，清涕直流如水。是年除夕，报社经济窘迫到揭不开锅。蔡先生不得不与同仁某君商量，借他一颗蜜蜡朝珠去典当；谁知当铺朝奉说是假的，只能典一块钱。蔡元培任北大校长之初，上下班都是步行。孙宝琦看不过去，送他一部马车。当孙再访时，发现马车并未曾用，因为没有马，孙宝琦又送去一匹马。当北平街上已飞驰流线型汽车时，蔡元培仍坐在表斑面驳的马车车厢里到北大上下班。他在南京临时政府任教育总长时，强调平民化，除去总长、次长，其余工作人员统称部员，不授官职，月薪一律三十元。到北平后，他兼总长是尽义务，不领工资。

蔡元培一生好酒。据程沧波回忆，蔡元培在南京中研院岁月，每顿中午要喝一点酒，用的是锡制方型暖壶（里圆，夹层放开水温酒），不吃饭，因胃病只吃几片面包，菜是中研院食堂大锅菜。任鸿隽说，蔡元培在南京没有私宅，住成贤街中研院大宿舍。他与某君住里外两间，他住里面，外出须经某君之屋；而蔡先生平时起身较早，外间某君犹酣睡未醒。先生恐惊动他，只好在己室看书，等某君起床后，他才盥洗。蔡元培专任中研院院长后应酬多、开销大，一次有关人士在他的工资袋里多放了二百元。他很奇怪，得知真相后，当场将钱退了回去，并召集部属开会，说：“一切要按规定办理，生活苦些不要紧，但守法必须要严格做到。”

有趣的是1932年前后，陈西滢与蔡元培同车由宁赴北平。在火车上蔡先生请陈西滢喝酒（朱家骅送的）吃饭。结账时，陈西滢要买单，先生坚持由他开销。理由很可笑：“中央委员乘车是不用花钱的，所以这一次一个钱也没有花，心里总觉得有些不安。”陈西滢说蔡先生的人格“可以使人钦佩，却不一定使人师法，使人崇拜”。