本论自唐玄奘大师翻汉以来，印本、钞本实多。然其质量，倘以今时标准视之，则多属厅劣。这是时代变迁的缘故，不当呵责于古贤。惟民国年间韩清浄居士《科句披寻记》用功足丰择为底本。在校勘中，曾用过的汉文版本包括：一、房山石经本（简称“石经本”）二、乾隆大藏经本（俗称“龙藏本”）三、大正藏本四、碛砂藏本五、金陵刻经处本（简称“金陵本”）六、中国佛学院藏韩清浄居士手抄《科句披寻记》原始本七、铅字油印《科句》《披寻》汇编本八、手抄《科句》本九、手抄《披寻》本十、科学出版社纽约公司《瑜伽师地论，科句披寻记》本其中前五种在大陆常见后五种较为难寻标点与分段《瑜伽师地论（共9册）（精）》采用韩清浄居士标点与现行大陆、港、台及海外通用标点体系均有较大差异。其主要差异在于：韩清浄居士标点仅仅表示诵读和听闻的音节停顿，而现行各标点体系中，均赋予标点符号以内容涵义。采用韩清浄居士标点的原因是：佛典正闻重听闻、熏习，轻推理、解思的原则。该书段落划分与其他各版本均有所不同，这是几代学人共同努力而达成的结果，唯其中各参与者虽已尽其心力，仍不免会有所失。无论标点符号，还是段落划分，都只是为诵读方便而设，读者不可、亦不必，作为义理诠释的依据。
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