但是，在英国国教内部，神职人员中间已经兴起了一场新的辩论。他们认为，不管对于整个基督教社会的福利而言，还是对基督教最庄严法律的效力而言，主教的权威都是必不可少的。这种权威包含了崇高而神圣的特权，这些特权是人的力量无法赋予的，也是人的力量不能剥夺的。一个教会宁愿不承认三位一体或道生肉体的教义，也不能丧失了教皇的权威。罗马教廷在堕落的过程中始终维护了教皇的权威，就这一点而言，相比于那些信奉新教的国家，罗马教廷保持了基督教原始的纯洁。而信奉新教的人为了打破偶像崇拜，匆忙地建立起一套人为的体系。

在爱德华六世和伊丽莎白统治期间，那些国教礼仪的维护者经常自我安慰，他们认为，使用国教礼仪并没有错，只有那些自暴自弃、桀骜不驯的人才会拒绝使用这些礼仪，因为他们需要地方法官的惩戒。但如今，这个势力不断壮大的教派宣称，教政体制源自于上帝的旨意，这就赋予它的礼仪以新的威严和价值。他们暗示说，即便现存的礼拜礼仪存在着什么差错，这些差错也是微不足道的，基督教的古老礼仪中存在着很多有益的因素，但那些和罗马教廷进行激烈辩论的宗教改革者们却将这些礼仪都废除了。一些宗教节日和圣地重新得到人们的崇拜，一些早就弃之不用以及一些被普遍认为是装神弄鬼的仪式又重新复苏。一些绘画和雕塑，它们在第一代新教徒愤怒的洗劫中保存了下来，但如今它们又成为追捧的对象，因为它们带有浓厚的偶像崇拜的色彩。

在原来的宗教体系中，教会崇尚禁欲的生活，这一点最让宗教改革者们厌恶。他们宣称，罗马教廷的这个规定已经受到深谋远虑的使徒保罗的谴责，认为这是撒旦的理论。他们费尽心思地挖掘神职人员的罪行和丑闻，以此来证明他们对这条规定的猛烈抨击是合情合理的。路德迎娶一位修女为妻，用最简洁的方式表明了他的立场。在玛丽统治期间，一些声名显赫的主教和牧师遭受了火刑，他们都曾娶妻生子。如今，流言飞语传遍了整个英国，认为英国国教会再次奉行古老的修道院精神，在教会的高层，已婚的神职人员会再次遭受歧视，甚至一些普通的新教徒，他们也要向上帝发誓保持独身，不仅如此，圣公会甚至还允许教堂修建女修道院，一大群发誓献身上帝的处女，在午夜时分都会唱诵圣歌。

事情到此并没有结束。对于国教的创始人和第一代新教徒来说，那些稍有分歧或完全达成共识的问题如今也开始引发激烈的辩论。新教自诞生之日起就存在着内讧和争论，这些争论无一例外地都涉及教政体制和教会的礼仪，不过，关于形而上学的宗教体系，争论的双方并不存在巨大的分歧。新教徒上层所信奉的教义涉及原罪、信仰、上帝的仁慈、预定信仰和上帝的选民，这些都被称为加尔文主义。在伊丽莎白统治的末期，深受其宠幸的大主教约翰?惠特吉夫特联合伦敦的主教以及其他神学家共同起草了著名的《兰贝斯条款》。在这个条款中，最令人吃惊之处就在于它表明了和现代加尔文教义的不同之处，这也许会让现在的很多加尔文教徒深受打击。另一位神职人员则持相反的观点，对加尔文冷嘲热讽，剑桥大学对他的傲慢无礼进行抨击，他重申了自己对摒弃和恒心致死原则的信仰，从而逃避了惩罚，他通过对法国宗教改革者的反思向虔诚的民众表达了自己受到抨击的痛苦。胡克的神学流派介于克兰默流派和劳德流派之间，在现代，胡克流派还被阿米尼乌斯派看作同盟者。胡克宣称，若论及智慧，加尔文比法国任何一位神学家都略胜一筹，他传经布道，无数人从他那里接受神圣真理的滋养，而他自己只服从于上帝的旨意。当阿米尼乌斯派和加尔文派针锋相对时，英国政府和英国国教给予加尔文教以强有力的支持。英国帮助加尔文教囚禁了格罗蒂乌斯，对巴内费尔特施行了死刑判决，至今英国也没有摆脱这些污点。