抗战开始以来，何应钦对国民党正面战场的作战，也做了不少虽不尽如人意，也不如计划上所列，但却不乏实绩的工作。如在国统区普遍实施了义务兵役制和“国民兵役”方案，都称得上中国军事史上的首创。到1938年底，全国共征得壮丁270余万人，直接补充到各部队的达201万人。一定程度缓解了兵员缺乏的矛盾。不少地方由县长负责，对居民实施不脱产的150小时军事训练，也多少增强了人们的抗战意识。从抗战开始到1939年，国民党军的战时补充办法也大有改进。在武汉会战时期，逐步建立起正规的兵员补充制度，有的师能一次两次地撤到后方去补充兵员，然后重新参战。这也是会战能较长时间坚持下来的原因之一。到1939年7月，全国共建立550个补充团和70个补充营，经过训练的兵员数将近100万。在民众武装和壮丁训练工作中，虽为部队补充提供了一定基础，但由于国民党统治机器全是旧的，真正实行起来，往往面目全非，形成了“用武装民众来消灭民众武装，用工作来取消工作”的状况。至于抽壮丁和壮丁训练中的种种弊端，更令人毛发直竖。1938年4月，何应钦主持拟订了各战区粮食管理大纲。这也算是中国战时粮食管理法规的首创。至于何应钦主持实施的整军备战的五年计划中，有建设各级各类军事学校的内容。到1938年底，已有参谋总部军事学院、陆军大学及工兵、炮兵、通讯兵、装甲坦克兵、高炮、骑兵、空军、以及军政、技术等学校开办。预计1939年内，各种军校毕业的军官总数可达四万人，基本上可满足国民党军的干部需求。同时，由于缺乏受过中等教育的军官，军政部不得不降低对文化程度的要求，让一些军士进入军校或进修班，在客观上又改善了国民党军军官的构成，使一批经过实战及培训的军士成为中下级军官。

此外，在抗日战争初期，何应钦主持制定并实行了“国难薪制”；在军队的人事经理及教育训练方面，也围绕战时特点予以改进；在加强国防工事及战时交通与通讯设施，强化防空及民防力量，发展国防工业等方面，也有一定成效。